Nature Technology: Genoomse DNA eraldamine süljest

Kõigepealt rääkis Kaarel Krjutškov DNAst üldiselt ja selle eraldamisest. Lisaks tutvustas ta laua peal olevaid vahendeid mis olid DNA eraldamiseks vajalikud (pipetid,vortex ja erinevad ained). Kõigile jagati tööjuhendid, aga enne tööle asumist harjutasime pipettidega vee tõstmist, et hiljem kõik probleemideta läheks. Oli kolm erinevat pipetti, erineva koguse aine tõstmiseks (1000-100 μl, 100-10 μl ja 20-2 μl).
Töö esimene samm oli oma sülje kogumine tuubi. Seda tuli koguda umbes 1,5 ml. Seejärel tuli 500μl sülge uude tuubi panna ja lisada tuli lisada lüüsipuhvrit, proteinaas K-d ja 10% SDS-i. See protsess aitas lõhkuda raku väliskihi, jättes DNA puutumata. Pärast seda tuli tuub oma nimega märgistada ja inkubeerida 30 minutiks 53 kraadi juures, vahepeal segades. 30 minuti möödudes tuli tuubid panna jäässe viieks minutiks jahtuma. Nüüd oli lahuses näha juba sademeid. Nüüd tuli tuubi tsentrifuugida, et tekkinud sade lahusest eraldada. Selgelt oli näha tekkinud sadet tuubi põhjas, mis sisaldas valkusid ja rakumembraani, DNA oli vesilahuses. Tuli võtta uus tuub ja pipeteerida sinna vesilahus ILMA sadet puudutamata (700 μl). Sademega tuubi polnud enam vaja. Siis lisasime vesilahusesse 700 μl isopropanooli ja segasime lahust. Nüüd võis silmale nähtavat DNA sadet näha. Järgnevalt inkubeerisime toatemperatuuril 5 minutit ja tsentrifuugisime samuti 5 minutit. Tuubi küljele tekkis sade (DNA) ja nüüd oli vaja vesilahus eemaldada ilma sadet puudutamata. Seejärel lisasime 300 μl 70% etanooli ja tsentrifuugisime jälle
(2 minutit). Pärast seda tuli võimalikult palju eranooli eemaldada ja jällegi ilma sadet puudutamata. Tuli uuesti inkubeerida, seekord 37 kraadi juures ja avatud kaanega. Inkubeerima pidi niikaua kuni etanooli lõhna enam ei tundnud. Lõpetuseks lahustasime sademe 50 μl destilleeritud vees ja tegime vortexi. Tuli veenduda, et sade lahustus üles. Olime edukalt DNA süljest eraldanud.
Tunni lõpus lasi Kaarel meil õhukülvi karpidega baktereid koguda ja need kasvama panna. Õhukülvi karbis on väga palju toitaineid, mis aitavad bakteritel väga kiiresti kasvada. Seega kaasneb ka oht et sinna mõni ohtlik bakter satub. See lõpetas meie esimese tunni. Klikkige siia, et rohkem DNA kohta teada saada.